U vrijeme pandemije koronavirusa, Agencija je kao institucija Bosne i Hercegovine donosila, kako normativne akte, tako i druge odluke, kojima je regulisala svoj vlastiti rad i funkcionisanje u uslovima pandemije, a analizom podzakonskih akata kao i donesenih odluka stekao se i jasan uvid u rad Agencije u toku pandemije. Mjere koje su poduzimane najprije su dovele do skoro potpune obustave većine aktivnosti Agencije, osim obuka koje se od tada izvode u potpunosti online. Sa popuštanjem općih mjera, aktivnosti Agencije ponovo su otpočete u punom intezitetu, naglasak se posebno stavlja na higijensko-epidemiološke mjere.