Tijekom pandemije koronavirusa Agencija je, kao institucija Bosne i Hercegovine, donosila i normativne akte i druge odluke, kojima je uređivala vlastiti rad i funkcioniranje u uvjetima pandemije, a analizom podzakonskih akata i odluka omogućen je jasan uvid u rad Agencije tijekom pandemije. Poduzete mjere u početku su dovele do gotovo potpunog prestanka većine aktivnosti Agencije, osim obuka koje su se u međuvremenu provodile u potpunosti putem interneta. Ublažavanjem općih mjera, aktivnosti Agencije nastavljene su punim intenzitetom, s posebnim naglaskom na higijensko-epidemiološkim mjerama.