У вријеме пандемије коронавируса, Агенција је као институција Босне и Херцеговине доносила, како нормативне акте, тако и друге одлуке, којима је регулисала свој властити рад и функционисање у условима пандемије, а анализом подзаконских аката као и донесених одлука стекао се и јасан увид у рад Агенције у току пандемије. Мјере које су подузимане најприје су довеле до скоро потпуне обуставе већине активности Агенције, осим обука које се од тада изводе у потпуности онлајн. Са попуштањем општих мјера, активности Агенције поново су отпочете у пуном интезитету, нагласак се посебно ставља на хигијенско-епидемиолошке мјере.